萨万蒂·罗梅罗
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莎凡蒂·罗梅罗是一只愤怒的、穿越时空的山羊，它首次出现在TMNT的联合创作者凯文·伊斯特曼和彼得·拉尔德的漫画原著中。每次海龟们结束时间旅行冒险时，他基本上都是主要的反面角色。
Groundchuck & Dirtbag，披萨脸，德雷格勋爵，Tempestra
从最初的卡通系列中，魔术师抓住了一对不太为人所知的变种人，他们被称为土拨鼠(公牛)和人渣(鼹鼠)。他们只在一集里出现过，但是他们在最初的玩伴玩具线上有一些非常值得纪念的玩具。
比萨饼脸，一个奇形怪状的人类比萨饼制造商，也出现在玩具生产线上(但从未出现在节目中)。值得称赞的是，Wizards的设计团队似乎已经将几个版本的披萨脸合并成了一个，原版漫画是最突出的。披萨脸在这里好像也是披萨做的，很像2012年漫画里的他。魔法甚至给了他第二个头！根据最近去世的玩具雕塑家大卫·阿肖斯基的说法，最初的玩具应该是这样的， 但是第二个头在雕像制作之前就被切掉了，因为这对孩子们来说太恶心了。
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德雷格勋爵是1987年动画片中的另一个角色。这个像虫子一样的外星人在他们第八季让粉碎机退役后成为了主要的反派。如果你不记得这个人，没关系，因为他在那个节目里很糟糕。也就是说，2012年的卡通系列将他改造成了一个更好的角色，这也是他在这里出现的基础。
同样来自原漫画的还有坦普斯特拉，一个电子游戏女巫，她活了过来并与列奥纳多战斗。对于魔法，她被给予了比任何人想象的都多的爱。这与她是布景叙事设计负责人克里斯托·弗雷泽的最爱有很大关系。“指挥官甲板本身并没有真正的叙事，但至少在叙事团队内部， 弗雷泽在Polygon参加的一次预演中说:“我们在制作整件作品时想的主意是，海龟们下班后去当地的拱廊度过一个愉快的夜晚，一场闪电风暴给Tempestra带来了生命。”她是我个人崇拜的80年代的小坏蛋。当我开始领导这部电影时，我要求的第一件事就是我们必须把《暴风雨》放在某个地方。" 这个想法最终变成了，Tempestra创造了一群海龟的盟友和对手的电子游戏分身。“这是海龟试图遏制这种威胁，”她说指挥官甲板。
阿玛冈，怪兽，曼莫斯
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《忍者神龟历险记》是一部从1988年持续到1995年的系列漫画，最初是直接改编自这部卡通片。最终成为了它自己的东西，有着独特的自己的故事和人物。这部漫画中最令人难忘的反派角色之一是阿玛冈，一个来自未来的鲨鱼变种，后来被改编成其他几个化身，如2012年的漫画和TMNT IDW漫画。
然后是Monsterex，一个经典怪物狼人，德古拉，弗兰肯斯坦的怪物和吉尔曼的组合。他是由Krang创造的，当时他不小心用他的诱变剂射线击中了一台电视(即使按照TMNT宇宙的宽松标准，这也是相当愚蠢的)。当一个穴居人被某种诱变剂击中时，就会发生人模，尽管在IDW漫画中他被重新想象成一个更像神的实体，这也是魔法的版本。
Bishop探员
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毕夏普探员基本上是TMNT世界的特工史密斯。他第一次出现在2003年的动画系列中，扮演一个憎恨变种人的政府特工，此后他在大多数化身中都扮演了类似的角色。除了施莱德、卡拉伊、克兰和巴克斯特·斯托克曼，他是为数不多的几个被赋予大而全面的故事的反派之一。
旧铁架，Kitsune，Null夫人，Koya
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在始于2011年并仍在继续的IDW漫画系列中，几乎每一个过去的TMNT反派都得到了更新和升级。里面也有很多原创角色。他们最优秀的原创作品是老霍布，一只道德上模棱两可的变种猫，在拉斐尔还是婴儿时偷走了他，并最终领导了一个被称为变异动物的变种人团队。
Kitsune是另一个IDW原创。她是一个强大的女巫，爱上了施莱德，让他活了几百年。
Null夫人是一个邪恶的女商人，她的公司，Null集团，是一个跨维度的联合企业。一个类似的角色，Null先生，出现在阿奇漫画中，但被改编成IDW的女性角色。
科亚是一只变异猎鹰，最初是施莱德的宠物猎鹰。她通常与雾隐暗丈配对，这是一只变异鲨鱼，迄今为止还没有牌(可能是因为甲板上已经有两只鲨鱼和阿玛冈以及一只半鲨鱼克隆的施莱德)。
蛇草，巨型真菌，松鼠，梦幻海狸
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2012年的《忍者神龟》是派拉蒙在2009年购买TMNT版权后由Nickelodeon制作的第一部电视剧。与《IDW》系列相似，它重新塑造了许多反派角色，并创造了一些新角色。蛇草，一个被植物变异的家伙，是该节目中第一批原创反派角色之一。
巨大的真菌是一种巨大的突变蘑菇，在2012年卡通的一集里导致TMNT产生幻觉。松鼠是一种类似异形的变异松鼠，主要威胁米开朗基罗。
最后，还有梦想中的海狸。这些小家伙是基于1985年TMNT角色扮演游戏中名为“恐怖熊”的早期角色，但在2012年系列中变成了海狸。他们侵入了忍者神龟的梦境，强迫他们想象可怕的事情，有点像弗莱迪·克鲁格，尽管没有什么比魔法的双头披萨脸更可怕。